Wenn es beim Build 'nen Fehler gibt, und dann nicht alle Abhängigkeiten aufgelöst werden können, kann es vorkommen, dass beim Update Pakete entfernt werden.
Das ist eigentlich nicht gewollt, kommt aber so selten vor, dass ich mir noch keine bessere Behandlung solcher Fälle überlegt habe. In den meisten Fällen ist das entfernen von Paketen ja gewollt, wenn dies vorkommt. Und der normale Anwender kann kaum entscheiden ob das vorgeschlagene vorgehen eine gute Ide ist.