Ach so, jetzt verstehe ich's.
Ja, das ist richtig, beim booten wird das immer zurück gesetzt. Deshalb wird das auch bei jedem herunterfahren erneut auf g gesetzt.
Überprüfen kannst Du das nur, wenn Du z.B. beim herunterfahren auf Konsole 1 umschaltest, dort wird unter anderem die Meldung "Activating WOL" angezeigt.
Einfacher zu testen lässt sich das wenn Du das WOL manuell per "ethtool -s eth0 wol g" setzt. Damit sollte das dann aktiv sein und sich das System per WOL starten lassen.
Damit das WOL funktioniert, muss im Bios die Spannungsversorgung für die Netzwerkkarte aktiviert sein, auch wenn das System heruntergefahren ist.