Beim flatpak Paket weiß ich nicht genau wie es sich verhält. Das ist zwar ein apt Paket, das mit "apt-mark hold flatpak" vor Updates geschützt werden kann, aber es könnte trotzdem Nebeneffekte geben.
Wenn Du über das Webif alles aktualisierst, werden auch alle Flatpack Pakete aktualisiert. Das könnte auch das flatpack selbst, über einen flatpack Mechanismus beinhalten. Du müsstest das einfach mal ausprobieren. Für mich ist flatpack auch neu.
Sofern das Aktualisieren nur des flatpak Paketes aber bereits den Fehler verursacht, solltest Du gute Chancen haben, dass ein hold hilft.